Undang-undang No 12/2012 tentang Pendidikan Tinggi menegaskan betapa pentingnya menjamin kualitas pendidikan tinggi melalui penerapan sistem yang dikenal sebagai Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI). Seperti tahun-tahun sebelumnya, SPMI akan dilaksanakan secara sistemik dengan siklus PPEPP atau, dalam istilah umumnya, PDCA. Tujuan utama Audit Mutu Internal (AMI) adalah untuk mengumpulkan rekomendasi tentang peningkatan mutu serta menjamin akuntabilitas dengan cara melakukan identifikasi temuan atau ketidaksesuaian antara penyelenggaran pendidikan tinggi di tingkat Prodi dengan standar yang telah ditetapkan dalam SPMI UNTAG SBY. Semua pemimpin di semua tingkat perguruan tinggi, fakultas, dan program studi bertanggung jawab untuk melakukan audit kualitas internal ini. Sesuai dengan SN Dikti dan Indikator Kinerja Tambahan (IKT) yang ditetapkan oleh perguruan tinggi, capaian UNTAG SBY dijamin secara berkelanjutan melalui Indikator Kinerja Utama (IKU). Hasil audit mutu internal dalam SPMI dapat menjadi masukan yang efektif guna mengevaluasi keterlaksanaan Standar Nasional Pendidikan dan untuk melakukan peningkatan mutu secara berkelanjutan.